На рубежі XVII — XVIII століть між Швецією і Росією спалахнула війна за володіння Балтійським узбережжям, відома як Північна війна. Експедиційний корпус, що вступив на територію Росії, очолив молодий король Карл XII – блискучий стратег і полководець. Іван Мазепа вирішив скористатися слушним моментом і звільнити Україну від московського гноблення.

Наприкінці жовтня 1708 р. гетьман відправив стародубському полковнику Скоропадському грамоту з викладом причин, що спонукали його до переходу на сторону Карла ХІІ:

«Московська потенція вже давно має всілякі наміри проти нас, — писав український правитель, — а останнім часом почала відбирати у свою область українські міста, виганяти з них пограбованих і доведених до убогості жителів і заселяти своїми військами. Я мав від приятелів таємне застереження, та й сам ясно бачу, що ворог хоче нас — гетьмана, усю старшину, полковників і усе військове начальство — прибрати до рук у свою тиранську неволю, викорінити ім’я запорізьке і звернути усіх у драгуни і солдати, а весь український народ піддати вічному рабству. Я дізнався про це і зрозумів, що московська потенція вступила до нас не заради того, щоб нас захистити від шведів, а щоб вогнем, пограбуваннями і вбивством винищувати нас. І от, за згодою всієї старшини, ми зважилися віддатися в протекцію шведського короля в надії, що він оборонить нас від московського тиранського ярма і поверне нам права нашої вільності…»

Змінивши маршрут, шведські війська рушили на Стародуб, а потім на Новгород-Сіверський. Здавалося, саме провидіння виступило на стороні українців. Сучасна мобільна шведська армія, яка розгромила поляків і датчан, була найкращим союзником у війні з Москвою. Але низка трагічних помилок і прорахунків не дозволила шведам і козакам здолати Петра I.

30 жовтня 1708 р. московський цар віддав наказ знищити гетьманську столицю — Батурин. Виконувати цю місію відправився фаворит Петра, ясновельможний князь, у нещодавному минулому — пирожечник, а в майбутньому — генералісимус Олександр Меншиков.

Оборону Батурина очолив сердюцький полковник Дмитро Чечель. На пропозицію росіян скласти зброю козаки відповіли, що скоріше вмруть, ніж віддадуть столицю супостату. Кілька разів Меншиков кидав свої війська на штурм козацької твердині, але влучний гарматно-рушничний вогонь разив ряди атакуючих.

Батурин, добре укріплена фортеця з належним запасом провізії і боєприпасів, міг витримати і багатомісячну облогу. Але однієї ночі зрадник Іван Ніс прийшов до Меншикова і повідав йому про таємний лаз, що вів у фортецю. Московське військо, скориставшись підземним ходом, вступило в місто.

Незважаючи на запеклий опір, стримати натиск росіян козакам не вдалося. Ясновельможний князь наказав: «Батурин іншим на приклад спалити весь». Розпорядження Меншикова виконувалося з ретельністю. Карателі залишили в живих лише воєначальників українського воїнства, щоб потім жорстоко стратити.

Дикі подробиці Батуринської трагедії сколихнули Європу. Пруський посол Кайзерлінг і його англійський колега Витворт повідомили своїм країнам про каральну операцію росіян. А от що доповідав у Париж французький посол: «Україна залита кров’ю, зруйнована грабежами і всюди уявляє собою страшну картину варварства переможців…».

1708 року у Батурині було близько 20 тисяч мешканців. 1726 року, через 18 років після знищення, це місто було безлюдним, а мешканці, що вціліли, жили по околицях (428 дворів).