На початку 1930-х років ДПУ «розкрило» мережу контрреволюційних організацій, і провадження розслідування їх діяльності було об’єднано у так звану «Справу «Весна». Розслідування «Весни» розпочалось у Москві, продовжилось у Ленінграді, Харкові, Києві та багатьох інших містах Радянського Союзу. В Одесі елементом справи «Весна» стало викриття «Контрреволюційної військово-офіцерської організації». Багатьох офіцерів та колишніх військових від арешту та утримання під вартою не вберегла навіть служба в частинах Робітничо-Селянської Червоної армії та установах Генерального штабу [5, с. 314]. За даними з Галузевого архіву СБУ (м. Київ), наведеними Я. Тинченком, з Одеси було засуджено 41 діючого військовослужбовця різних військових установ, та більше 200 колишніх військових, що перебували у запасі або відставці [5, с. 316]. Особливо багато серед постраждалих було викладачів Одеського військового училища, у якому, начебто, й сформувалась організація.
Олександра Олександровича Рябініна-Скляревського арештовували двічі, у 1931 і 1937 роках. Саме про перший арешт (1931 року) і піде мова.
На момент арешту О.О. Рябінін-Скляревський працював ученим архівістом Одеського історичного архіву. Період роботи в архіві був дуже плідним у його дослідницькій діяльності. За цей час він підготував і опублікував у різних виданнях щонайменше 33 наукових праці, значна частина яких за своєю структурою, змістом та обсягом були справжніми монографіями. Рябінін-Скляревський здійснив величезну роботу з укладання опису справ архіву Коша Нової Січі, який до цього часу не втратив своєї актуальності та наукового значення. І все це – без врахування публікацій у газетах та журналах не наукового спрямування, робота з розшуку яких на сьогодні ще далеко не завершена.
Саме у розквіті своєї наукової діяльності Рябінін-Скляревський і потрапив у поле зору Одеського оперативного сектору ДПУ. 31 січня 1931 р. співробітникові ДПУ Новикову було дано ордер на здійснення обшуку на квартирі Рябініна-Скляревського і його арешт [1, арк. 1]. Вчений з сім’єю мешкав за адресою: 6-й провулок Пролетарського бульвару, буд. 26, кв. 1 [1, арк. 1]. Під час обшуку 7 лютого 1931 р. в помешканні було вилучено записи Рябініна-Скляревського, листування його та родичів, щоденники, фотографії [1, арк. 2]. Слід відзначити, що зараз усіх цих матеріалів у справі немає. Співробітники архівного фонду УСБУ України в Одеській області висувають два припущення: документи або були згодом знищені, як неважливі (що все-таки, малоймовірно, зважаючи на репутацію структури, яка займалась розслідуванням), або ж були долучені до загального провадження у справах «Весна» чи «Український національний центр», і (можливо) потрапили до Харкова чи Києва.
О. Рябінін-Скляревський початково був заарештований у зв’язку зі справою «Весна», про що свідчить документ зі слідчої справи, повна назва якого: «Анкета арестованного по делу «Весна» [1, арк. 3]. Те, що анкета зі вказаною назвою виконана типографським способом, не лише підтверджує загальнодержавний рівень розслідування цієї справи, а й побічно вказує на величезну кількість підозрюваних, заарештованих у зв’язку з нею. До справи Рябініна-Скляревського долучено значний обсяг свідчень інших осіб, заарештованих за справами «Весна» і «Контрреволюційної військово-офіцерської організації». Зі свідчень зрозуміло, що слідчі підводили заарештованих до твердження, ніби разом з іншими учасниками обох організацій Рябінін-Скляревський здійснював підготовку антирадянського виступу військових, а також організаційні заходи зі сприяння можливій інтервенції. Про зв’язки з керівниками «Контрреволюційної військово-офіцерської організації» – колишнім генералом Родкевичем, бароном Стаалем, офіцерами Малінніковим та Загороднім, свідчили арештовані Герасимов, Бернацький, Лозинський [1, арк. 101]. Але більшість свідчень акцентують на фактичній аполітичності Рябініна-Скляревського, його фанатичній відданості науковій роботі. Так, О. Герасимов повідомляв, що «его интерес заключался в научной работе, он писал, помещал научные статьи в прессе и от какой-либо активной работы совершенно уклонялся» [1, арк. 94].
Вже з початку березня 1931 року до справи долучаються свідчення не лише фігурантів «Весни», а й іншої гучної справи – «Українського національного центру». У свідченнях самого Рябініна-Скляревського є відповіді на запитання слідчих щодо діяльності одеських та київських науковців, їх ідейно-політичних позицій. Ці документи дають дуже цінну інформацію про взаємовідносини між відомими у наукових колах людьми – М. Грушевським, С. Єфремовим, А. Кримським, М. Слабченком, С. Шамраєм, К. Копержинським, А. Музичкою, багатьма іншими вченими. Крім усього іншого, Рябінін-Скляревський описує конфлікти, що виникали у нього та деяких колег з М. Слабченком. Зокрема, Слабченко намагався усунути Рябініна-Скляревського з архіву, оскільки останній надав допомогу С. Боровому у роботі з матеріалами, що становили інтерес і для Слабченка. Тому Михайло Єлисейович намагався монополізувати доступ до певного кола документів [1, арк. 85]. Через питання лідерства у наукових організаціях Одеси визрів конфлікт між М. Слабченком та А. Музичкою, Ф. Петрунем, Р. Волковим, іншими одеськими та київськими науковцями. І О. Рябінін-Скляревський, і Ф. Петрунь свідчили про вкрай напружені стосунки Слабченка з Грушевським [1, арк. 154]. Михайло Сергійович на правах найавторитетнішого українського історика через установи ВУАН підтримував Одеську комісію краєзнавства, місцеву філію Науково-дослідної кафедри історії української культури (Р. Волков, С. Дложевський, Б. Комаров, К. Копержинський, А. Музичка та ін.). Заразом Грушевський намагався протидіяти організаціям, до створення яких докладав зусиль Слабченко (зокрема, Одеське наукове товариство), котрого підтримували С. Єфремов та М. Василенко. Рябінін-Скляревський відверто описував усі перипетії навколонаукового життя одеських товариств, вказуючи і своє (вкрай незначне з його точки зору) місце у цих конфліктах, і відношення інших науковців до таких взаємовідносин. Один з документів чітко вказує на відношення Рябініна-Скляревського до М. Слабченка та його однодумців. Олександр Олександрович пише: «Так, на митинге в 1929 г. по поводу статьи Ефремова [у львівській газеті «Діло» - В.Б.] М. Слабченко бил себя в грудь и уверял в преданности соввласти, а через полгода сам был привлечен с этим же Ефремовым по процессу СВУ. Тоже Панченко в профсоюзных собраниях произносил речи, под которыми подписался бы любой коммунист, а потом мы его тоже увидели в СВУ» [1, арк. 84].
Вже за місяць утримання Рябініна під слідством кількість матеріалів про роботу наукових установ Одеси, залучених до справи, перевищувала обсяг матеріалів про «Контрреволюційну військово-офіцерську організацію». Тому, постановою від 8 травня 1931 р. слідчу справу Рябініна-Скляревського передано до відділу, що займався справою «Українського національного центру» для подальшого розслідування у межах останньої. Тут до справи Рябініна-Скляревського додались численні свідчення колег-науковців, серед яких найбільші за обсягом належать Ф. Петруню. Продовжував свідчити і сам Рябінін. Цікавими є його спроби оцінити своє ідейно-політичне обличчя, суспільну орієнтацію. Так, згадуючи свою участь у подіях 1917-1918 років, він вказує, що «определился украинским демократом группы или направления, которое возглавлял Винниченко» [1, арк. 150]. У іншому місці Рябінін вказує, що під час розмови з К. Копержинським (1926 чи 1927 року) підтвердив, що стоїть на позиції М. Грушевського [1, арк. 156]. Крім таких розмов, він підтверджує і факт спроби зустрітись з Грушевським (18-21 грудня 1928 р.) у Києві, щоправда, зустріч так і не відбулась.
Загалом, у ході розслідування причетності Рябініна-Скляревського до справ «Весна», «Контрреволюційної військово-офіцерської організації» та «Українського національного центру» фахівці ДПУ зібрали більше 240 аркушів свідчень та інших документів. Пересвідчившись у відсутності вагомих доказів контрреволюційної діяльності Рябініна-Скляревського в офіцерській організації, уповноважені ДПУ зосередили свою увагу на справі «УНЦ». Контакти з Грушевським, спільна робота з німецьким істориком Г. Ляйббрандтом, якому Рябінін-Скляревський допомагав у архівних пошуках, офіцерське минуле могли бути достатніми підставами для засудження [3, с. 25]. У загальному звинувачувальному висновку за справою «Українського національного центру» зазначалось і таке: УНЦ – складова частина розгалуженої галицької контрреволюційної «Української військової організації». Пізніше додаткові перевірки засвідчать, що УВО у тому вигляді, в якому її висвітлювали фахівці ДПУ, не існувало взагалі. Справа на цю організацію, як і на УНЦ, фабрикувалася на основі свідчень звинувачених. Остаточний вердикт за наслідками перевірки справи про УВО винесла Військова колегія Верховного суду СРСР 11 квітня 1958 року. У цьому документі, зокрема, зазначалось, що «...всі звинувачувані засуджені необґрунтовано, за фальсифікованими матеріалами, а свідчення, які вони давали на попередньому слідстві про свою приналежність до УВО, є вигаданими. Матеріалами перевірки встановлено, що справа про існування на території УРСР розгалуженої контрреволюційної організації УВО, керованої засудженими по даній справі особами, органами слідства сфальсифікована» [4].
Доказів контрреволюційної діяльності О.О. Рябініна-Скляревського виявилось недостатньо для засудження. Постановою від 11 листопада 1931 року Олександрові Олександровичу змінено утримання під вартою на підписку про невиїзд, що й було виконано 14 листопада [1, арк. 208-209]. А вже 10 грудня 1931 року видано постанову оперативного сектору ОДПУ про скасування підписки про невиїзд та закриття справи [1, арк. 210].
О. Рябінін-Скляревський цього разу вийшов на свободу, але десятимісячне перебування під слідством украй негативно вплинуло як на фізичне здоров’я, так і на моральний стан вченого. На роботі він поновився, як і раніше сумлінно працював, виконував покладені на нього обов’язки [2]. Проте його наукова робота повністю припинилась після виходу на свободу. Протягом усього періоду з кінця 1931 р. до 1937 р. (коли його було заарештовано вдруге) Олександр Олександрович практично не займався історичними дослідженнями. Єдиною опублікованою за цей період працею є стаття «Одесский областной исторический архив», що вийшла 1936 року у московському журналі «Историк-марксист» [6]. Таким чином, активне життя Олександра Олександровича як науковця у 1931 р. завершилось. І причиною цього був саме арешт та перебування під слідством.